Pondok Pesantren Modern Imam Syuhodo (PPMIS) adalah salah satu pesantren Muhammadiyah dengan system pendidikan modern yang didirikan oleh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Blimbing daerah Sukoharjo pada tahun 1994. Dengan No. SK. PCM : 194/SK.PC/I.A/1.a/1994. Pesantren ini terletak di desa Wonorejo, kecamatan Polokarto, kabupaten Sukoharjo, Jawa Tengah. PPMIS ini berdiri, berangkat dari semangat mencetak kader persyarikatan Muhammadiyah khususnya dan kader islam pada umumnya diharapankan mampu ikut berperan dalam mencerdaskan bangsa melalui amal usaha pendidikan dengan system pesantren.

PPMIS berdiri atas gagasan para sesepuh Muhammadiyah Cabang Blimbing yang saat itu mendapatkan wakaf tanah seluas 10.308 m2 dari Koperasi Batik Sukowati Bekonang sekitar tahun 1970.  Bapak ‘Adnan, Bapak Muh. Busroni dan Bapak Marwah Mukti selaku Ketua Batik Sukowati dan Ketua Pimpinan Muhammadiyah Cabang Blimbing, dalam amanahnya berpesan bahwa tanah wakaf dan bangunannya itu harus menjadi pesantren.

Pada tahun 1970 Pimpinan Cabang Muhammadiyah Blimbing memulai pembangunan beberapa gedung, dan pada tahun 1975 beberapa gedung telah selesai terbangun, namun keinginan membuka program pesantren belum bisa terwujud karena kekurangan sumberdaya manusia yang mampu dan mau ikut mengelola pesantren. Sambil menunggu personil yang siap dalam membina pesantren, lantas gedung yang sudah terbangun itu sementara digunakan untuk sekolah diniyah sore.

Seiring berjalannya waktu, bangunan yang hanya digunakan untuk sekolah diniyah sore, akhirnya disepakati untuk berdiri Madrasah Tsanawiyah. Ditahun 1985 Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah Blimbing berdiri. Dan ditunjuklah Bapak H. Umar Ma’ruf sebagai kepala Madrasah. Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah Blimbing inilah yang nantinya menjadi cikal bakal berdirinya pesantren.

Pada Tahun 1994, Pimpinan Cabang Muhammadiyah dalam rapat pengurus bertekad untuk merealisasikan cita-cita para tokoh terdahulu yaitu mendirikan pondok pesantren. Dalam perjalanannya maka Pimpinan Cabang Muhammadiyah Blimbing membentuk kepanitian pendirian pondok pesantren. Salah satu yang menjadi pembahasan penting adalah apa nama pesantrennya. Muncul beberapa usulan diantaranya; AL MANAR dan IMAM SYUHODO, setelah berdiskusi maka nama IMAM SYUHODO menjadi nama pesantren yang akan berdiri itu. Nama salah seorang tokoh Islam, beliau hafal Al Qur’an. Masyarakat sekitar mengenalnya dengan sebutan Kyai Apil Qur”an (istilah ini diberikan oleh Paku Buwono Ke IV karena Kyai Imam Syuhodo hafal Al Quran dan dalam mendalami agama islam, Paku Buwono berguru kepada Beliau) dan beliaulah yang mendakwahkan Islam pertama kali di Desa Wonorejo kemudian mendirikan Masjid Agung di Desa Wonorejo abad ke 17.

IMAM SYUHODO dipilih bukan tanpa dasar dan hanya untuk mengenangnya saja. Namun jauh dari itu, besar harapan dengan kebesaran namanya pondok pesantren yang berdiri ini bisa berkiprah menghasilkan santriwan/santriwati yang mau dan mampu mendakwahkan Islam dan bertafaquh fiddin sebagaimana yang dilakukan Kyai IMAM SYUHODO.

Setelah semua kesiapan matang dan nama sudah didapatkan, ditahun I995 secara resmi Pondok Pesantren Modern Imam Syuhodo Muhammadiyah Cabang Blimbing berdiri dan membuka pendaftaran santri baru. Berkat izin Alloh SWTdan dengan dukungan semua pihak 24 santri berhasil mengisi pesantren baru ini untuk bertafaqquh fiddin. Berkat Rahmat dari Allah swt, perjuangan para pengurus yayasan dan kegigihan para pengasuh pesantren mengantarkan Pondok Pesantren IMAM SYUHODO hingga sekarang mampu terus berkembang membina aqidah dan akhlak serta ikut mencerdaskan anak bangsa.

Seiring berjalannya waktu, kepercayaan masyarakat kepada pesantren ini menggerakkan mereka untuk ikut andil besar dalam suksesnya pengembangan pesantren baik fisik bangunan hingga wakaf tanah yang diserahkan ke pesantren ini. Yang lebih menggembirakan lagi adalah semakin besarnya minat masyarakat untuk mempercayakan putra – putrinya menuntut ilmu di pesantren ini.

Dan pada tahun 1997 Pesantren mendapat ijin Operasional Departemen Agama Kanwil Depag Propinsi Jawa Tengah dengan no ijin Kanwil Depag: WK/5.e/PP.00.72344/1997 dan Badan Hukum : 23628/MPK/74. Dengan sistem pendidikan pesantren modern yang dikembangkan, besar harapan PPMIS mampu menjadi secercah cahaya yang akhirnya menjadi solusi problematika umat pada saat ini dan masa yang akan datang.