Pondok Pesantren Modern Imam Syuhodo memiliki beberapa ekstrakulikuler untuk menunjang prestasi santri dan pengembangan minat bakat santri dibidang non akademik

Ekstrakulikuler di Pondok Pesantren Modern Imam Syuhodo ada 2 kategori, yaitu Ekstra Wajib dan Ekstra Pilihan

Ekstrakulikuler Wajib

• Hizbul Wathan
• Tapak Suci Putra Muhammadiyah
• Mukhadloroh
• IPM

Ekstrakulikuler Pilihan

• Futsal
• Badminton
• Volly
• Halaqoh Tahfidz
• Halaqoh Hadist
• Desain Grafis
• Santri Pencinta Alam
• KOKAM
• Archery